日本漫画家協会は、1964年（昭和39年）12月に当時我国唯一の漫画家の全国組織として設立されました。
初代理事長には政治漫画の歴史に偉大な足跡を残した故・近藤日出造が就任。
この組織の結成により、それまで各ジャンルごとにわかれ、いくつかの小グループで活動を展開していながら、ほとんど交流の機会がなかった漫画家達が、第二次世界大戦後初めて大同団結したのでした。

1985年（昭和60年）には文部省（現文部科学省）の認可を受けて社団法人に、そして2014年（平成26年）には内閣府の認可を受けて公益社団法人となり、名実ともに我国を代表する漫画家の公的機関となりました。

現在の理事長（代表理事）は日本の漫画界を代表する里中満智子、会長はちばてつや、常務理事には赤松健、一本木蛮、うめ（小沢高広）、鈴木みそ、永野のりこ、三浦みつる、森川ジョージ、理事には植田まさし、ウノ・カマキリ、倉田よしみ、島本和彦、竹宮惠子、永井豪、萩尾望都、バロン吉元、ビッグ錠、弘兼憲史、山根青鬼と、さまざまなジャンルの漫画家が役員として協会運営に当たっています。
現在会員数は約3100名をかぞえ、事務局を東京・新宿に置き、きめこまかい活動を行っています。

公益社団法人日本漫画家協会は、健全なる漫画の普及に関する事業を行うと共に、漫画創作活動を奨励し併せて諸外国との漫画文化の交流を図り、漫画に関する調査研究を行い、もって我国文化の発展に寄与することを目的として、あらゆる事業を行っております。

日本の漫画は、今や世界でも例を見ない程、質・量ともにめざましい発展を遂げ、もはやあらゆるメディアを凌駕する文化として定着しました。
公益社団法人日本漫画家協会は、漫画の持つ自由奔放でインターナショナルな表現によるさまざまなアプローチを行い、漫画の将来の可能性を探っていきたいと思っています。